Nach 1309 errichtete der Orden sein Hauptquartier auf der Insel Rhodos. Die Johanniter schufen einen Territorialstaat und wachten mit ihren Schiffen darüber, dass die Muslime nicht in den östlichen Mittelmeerraum vordrangen.
1312 gingen die Besitztümer der Templer auf die Johanniter über, die nun zumeist unter der Bezeichnung Rhodiner auftraten und nationale Unterabteilungen, so genannte "Zungen" bildeten.
Als der osmanische Herrscher Süleiman I. (der Prächtige) die Insel 1522 eroberte, waren die Ritter zunächst heimatlos, bis sie 1530 Karl V. mit der Insel Malta belehnte.
Nun nannten sich die Ordensmitglieder Malteserritter und verteidigten 1565 die Insel erfolgreich gegen den Ansturm der osmanischen Flotte.